Stjórnkerfi Hafnarfjarðarbæjar er tvískipt eins og önnur opinber stjórnkerfi á Íslandi. Annarsvegar er pólitíska kerfið, lýðræðislega kjörnir bæjarfulltrúar sem skipa bæjarstjórn og nefndir sem bæjarstjórn skipar samkvæmt samþykkt um stjórn Hafnarfjarðarkaupstaðar og fundarsköp bæjarstjórnar.
Hér er hægt að skoða skipurit bæjarins og skoða samþykkt um stjórn Hafnarfjarðarkaupstaðar og fundarsköp bæjarstjórnar.
Fimm ráð eru hjá Hafnarfjarðarbæ, Bæjaráð, Fræðsluráð, Fjölskylduráð, Framkvæmdaráð og Skipulags- og byggingarráð.
Bæjarstjórn heldur að jafnaði fundi tvisvar í mánuði og ráðin funda líka að jafnaði tvisvar í mánuði. Aðrar nefndir funda tvisvar í mánuði.
Hins vegar er embættismannakerfið, þ.e. ráðnir stjórnendur bæjarfélagsins með bæjarstjóra sem æðsta yfirmann. Bæjarstjóri er framkvæmdastjóri bæjarins, ráðinn af bæjarstjórn. Hann hefur á hendi framkvæmd ákvarðana bæjarstjórnar og fer ásamt bæjarráði með framkvæmda- og fjármálastjórn bæjarins. Bæjarstjóri er yfirmaður starfsmanna bæjarins og æðsti embættismaður. Hann kemur ýmist úr röðum bæjarfulltrúa eða utankomandi aðili er ráðinn til starfans. Núverandi bæjarstjóri, Lúðvík Geirsson, er jafnframt bæjarfulltrúi Samfylkingarinnar.
í Hafnarfirði skiptist embættismannakerfið í fimm svið, fjölskyldusvið, fræðslusvið, skipulags- og byggingarsvið, framkvæmdasvið og stjórnsýslu- og fjármálasvið .